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四的剧情。话说在现代大概是199X年的样子，苏联一下子分裂了，陷入了内战中，俄罗斯政府军和激进的俄国种族主义者打的不可开交，双方都有各自的军队都是原先的苏联正规军，双方都有核弹头。这是，远在英国，4的主角索普·麦克塔维什中士刚刚加入了SAS，并且认识了几位队友:普莱斯队长、盖兹还有几个杂兵。第一个任务时，SAS发现了货船中有一枚核弹头，并可能有更多的核弹头被走私卖出，随即货船被激进组织的战斗机击毁。此时在中东，卡利德·阿拉萨德将军发动了政变，将合法民选总统杀了，世界都很震惊，美国为了维护在海湾的利益，出兵该国，抓捕阿拉萨德将军，谁知阿拉萨德将军早就远遁俄国，并在本国首都埋了颗核弹这就是那“更多的核弹”，核弹爆炸了，进攻首都的美军死伤惨重。
几乎是同一时间，SAS通过线人知道了核弹陷阱，却来不及通知美军，只好去俄国抓捕阿拉萨德将军，好不容易抓住了将军，队长接了一个电话，才发现背后另有黑手——伊姆兰·扎卡耶夫俄国激进组织的领导者。
队长不禁回忆起和扎卡耶夫的种种恩怨:原来在15年前，队长还是个新人菜鸟，而扎卡耶夫当时是苏联的一个将军，准备在切尔诺贝利和一些反西方组织组织进行某项交易，SAS对此非常重视，命令麦克米兰上尉带着队长去暗杀扎卡耶夫，一番努力后队长狙掉了扎卡耶夫，没想到他竟然没死。
转到现在，队长发现此次抓捕阿拉萨德将军的任务也是个陷阱，扎卡耶夫不下了重兵要消灭SAS，一番浴血厮杀后，众人得以脱离。大伙安全后的第一件事就是报仇，可是要杀扎卡耶夫并不容易，于是众人想抓扎卡耶夫的儿子——维克多·扎卡耶夫作为人质，没想到就在抓捕过程中维克多·扎卡耶夫自杀了。
知道儿子自杀的消息扎卡耶夫怒火中烧，用激进组织控制的前苏联基地向美国发射了两枚带核弹头的弹道导弹，众人只有入侵该基地，解除核弹密码，一番厮杀后，解除了核弹危机。在大家返程途中，扎卡耶夫带上大队人马一路追杀，一同去的人基本都死光了，最后只剩下主角索普·麦克塔维什中士和身受重伤的队长，关键时候，俄国政府军的特种部队援军到了，在扎卡耶夫一愣神的功夫，队长扔给你一把手枪，你把扎卡耶夫给杀了。这里是激进组织的地盘，政府军只来得及救你离开，队长因为伤势过重无法移动，被留在了那里在6中伤养好了，被关在监狱里，又给你救了。
六代故事发生在前作《使命召唤4:现代战争》的剧情之后5年。此时，俄罗斯已经被极端分子控制，扎卡耶夫也被宣传成了新的俄罗斯英雄。与扎卡耶夫有密切关联的恐怖主义者弗拉基米尔·马卡洛夫掌控了俄罗斯激进恐怖组织，世界再次不安定起来。为了应对严峻的国际形势，英国空降特勤队、美国中央情报局、美国海豹突击队等部门联合成立了“141特战队”141 Task Force，前作的主角“肥皂”则成为141特战队的队长。
美军剧情
在美军剧情中，玩家可以控制三个人。一位是约瑟夫·艾伦，一位是詹姆斯·拉米雷斯，另一位是在空间站里的宇航员。
游戏开始时，玩家控制的是隶属于美国第75游骑兵团的约瑟夫·艾伦Joseph Allen，在阿富汗执行行动。后由于其表现优秀，被希普德将军招募加入了141特战队，并指定为美国中央情报局潜伏在马卡洛夫极端组织的卧底。不久，艾伦在马卡洛夫的组织下到扎卡耶夫国际机场实行恐怖袭击，向平民扫射。但随后艾伦的身份暴露，在从机场撤退时被马卡洛夫杀死。马卡洛夫以此为“讯息”Message，将责任推到美国身上。果然俄罗斯方面在机场事件调查之后认为这起恐怖袭击与美国有关。之后俄罗斯利用ACS模组见141特战队剧情段落瘫痪了美军卫星网络，使其无法正常识别，并且海陆空三管其下，发动对美国的战争。
此时，玩家开始控制第75游骑兵团的二等兵詹姆斯·拉米雷斯James Ramirez，跟随福利中士的领导，在华盛顿附近抵抗俄罗斯精锐部队。战斗中，美军发现一枚洲际弹道导弹正向美国东海岸靠近，美军司令部决定作出在华盛顿在导弹袭击而失守后的最坏打算，与此同时，拉米雷斯所在小队遭到伏击，陷入危机。视角转向太空，玩家控制一名在空间站执行任务的宇航员，在太空中“观看”了一枚洲际弹道导弹高大气层爆炸的情景见141特战队剧情段落，随后空间站被洲际弹道导弹爆炸产生的冲击波击毁，宇航员也不幸阵亡。而导弹爆炸后产生的强电磁脉冲EMP让美国东部地区所有电子仪器包括俄军的全部瘫痪。拉米雷斯所在的部队戏剧性地得救此时由于EMP袭击，激光瞄准器等电子产品无法使用。虽然导弹并没有直接袭击华盛顿城区，但美军司令部真的以为华盛顿已经失守，准备对华盛顿发动毁灭性空袭，拉米雷斯的部队得知这一消息后，趁俄军载具瘫痪之际重夺美国白宫，发射了信号弹，使美国空军终止了空袭任务。到此美军剧情就结束了。
141特战队剧情
在141特战队剧情中，玩家可以控制加里·“小强”·桑德森中士，或是约翰·“肥皂”·麦克塔维什上尉。
141特战队的剧情开始于哈萨克斯坦的天山，玩家控制的人物是加里·“小强”·桑德森中士以下简称小强和“肥皂”队长，前往位于天山山脉的一座俄军机场，回收遗失的人造卫星ACS模组ACS是攻击识别系统，以防止机密落入敌手。然而俄罗斯还是赶在141特战队之前，破解了该模组，并在机场事件后利用模组中的相关资料瘫痪了美国卫星，向美国发动战争。
141特战队判断，战争的主谋是马卡洛夫，于是开始调查马卡洛夫的踪迹。随后，他们发现巴西存在一个可能与马卡洛夫有关的军火商，于是前往里约热内卢，但没有得到任何有价值的情报。在一场人质解救行动任务之后，谢菲尔德将军要“肥皂”等人去俄罗斯“古拉得”监狱解救一名罪犯，称马卡洛夫十分讨厌这名罪犯。在激战之后，特战队惊讶地发现罪犯就是《使命召唤4:现代战争》的普莱斯上尉，而他已经被关在监狱数年之久。“肥皂”归还了普莱斯的枪前作中杀死扎卡耶夫的手枪。
成功解救普莱斯后，谢菲尔德将军要求141特战队继续追查马卡洛夫的下落，但普莱斯要求利用极端手段先解决美国和俄罗斯的战争，中断了与谢菲尔德将军的联系，并率领141特战队劫持了一艘俄罗斯的核潜艇，并向美国华盛顿高大气层发射了一枚洲际弹道导弹。导弹爆炸之后，俄罗斯军队由于EMP袭击而瘫痪，美军的局势终于得到逆转。
随后，在将军的建议下，141特战队分成两队执行任务。一队由“肥皂”和普莱斯组成进军阿富汗，而二队则由“幽灵”和“小强”联手调查马卡洛夫一座别墅。“小强”一行虽然没能发现马卡洛夫，但截获了非常重要的情报，不过就在撤离之时，“幽灵”和“小强”被前来接应的谢菲尔德将军杀害，情报则落入了将军之手。此后镜头转到“肥皂”的部队，普莱斯和“肥皂”等人在阿富汗的某废旧飞机回收中心遭到了谢菲尔德将军袭击，但幸运的是，此时马卡洛夫的部队也在和谢菲尔德将军的部队交火，他们利用这一混乱的局势，在尼古莱Nikolai的接应下成功撤退。
普莱斯和“肥皂”渐渐明白了谢菲尔德将军就是战争的幕后黑手。正是他将艾伦作为卧底安插到敌后，并藉由放出艾伦身份的资料，造成艾伦的死，引发了美俄大战。而与此同时，普莱斯和“肥皂”被谢菲尔德将军列为了全球通缉犯，为了为“幽灵”和“小强”报仇，手刃幕后黑手，孤立无援的他们联系了原来的敌人马卡洛夫，虽然马卡洛夫因为当年杀死扎卡耶夫的仇恨，并未直接班师相助，但仍将谢菲尔德将军所在的一个阿富汗秘密基地的坐标透露给了普莱斯和“肥皂”。抱着“有去无回”的决心，普莱斯和“肥皂”潜入了这个秘密基地。在一系列激战之后，谢菲尔德将军被身受重伤的“肥皂”飞刀插入头部致死。随后尼古拉坐了“小鸟”直升机来接应普莱斯和“肥皂”，并表示要带他们到个“好地方”，141特战队的剧情到此结束。
关于真相
谢菲尔德将军是五年前即《使命召唤4:现代战争》剧情中负责美军线行动的总指挥官，也是一名极端的爱国主义者类似前作的扎卡耶夫。在那次原子弹事件，他亲眼目睹的几万士兵瞬间死亡的情景，美国的形象也受到了很大影响。谢菲尔德将军更对在极端组织夺取俄罗斯控制权后美国政府的弱势态度，以及原子弹事件后美国海外军队的窘景感到十分不满。他决定利用马卡洛夫来引起战争即美俄大战，希望在俄罗斯打击下改变美国现颓废的现状且重塑美国的世界霸主形象，然后再想方法铲除马卡洛夫。
