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本次剧情紧接前作，就在奎托斯与众多泰坦爬上奥林匹斯山的时候，神殿中以宙斯为首的众神们也在关注着这一切。太阳神赫利俄斯率先应战，之后神使赫尔墨斯、冥王哈迪斯以及海神波塞冬相继出战。奎托斯第一个就要面对骑着海马巨大化身躯的海皇波塞冬，在与盖亚的完美配合下奎托斯将其杀死。波塞冬的死引起了大海啸，整个世界沦为汪洋大海，只有生活在奥林匹斯山上的仆役们得以幸免。奎托斯借着盖亚的身体顺利的来到了宙斯的宫殿，强大的宙斯只用了一招就把盖亚与奎托斯打下了山。即便是使用了奥林匹斯之剑，奎托斯依然无法在不断晃动的盖亚背上稳定下来。盖亚警告奎托斯说他只是泰坦的马前卒，如今泰坦族已经安然无恙的抵达了这个时代，就是到了丢卒保帅的时候了。被盖亚背叛后失去奥林匹斯神剑的奎托斯径直掉落到了“冥河”，被水鬼咬得精疲力竭的他在此遇到了雅典娜的灵魂。雅典娜指出了战胜宙斯的唯一方法，就是找到并且摧毁宙斯力量的来源“奥林匹斯圣火”。只有这样才能彻底的铲除奥林匹斯的统治。在烧死庇里托俄斯找到了阿波罗弓后，奎托斯穿过了冥界三巨头的地狱审判间见到了火神赫菲斯托斯，从火神处得知了潘多拉的消息。一路来到哈迪斯的宫殿，在与冥王恶斗数十回合后奎托斯将勾魂刃夺了过来，最终借此武器把哈迪斯的灵魂拉出体外，终结了冥王的生命！哈迪斯裂开的大脑里面涌现出无数的魂魄，整个地底冥界陷入了无秩序的混乱当中。从地狱又回到奥林匹斯山的奎托斯遇上了之前抛弃了自己的盖亚，奎托斯以其人之道还之。与此同时太阳神赫利俄斯与泰坦伯尔修斯激斗正酣，奎托斯从中渔利击败了赫利俄斯，并扯下了其头颅作为照明道具。赫利俄斯死后，乌云遮住了太阳，暴雨倾盆而下，世界陷入黑暗。奎托斯再次遇到了小女孩的感灵，原来她就是潘多拉，希望奎托斯帮助解救自己。一直往上前进碰到了神使赫尔墨斯，在一顿挑衅之后赫耳墨斯顺着制衡之链跑了上去，奎托斯紧跟其后，来到了奥林匹斯圣火面前。当他正要去碰圣火中的潘多拉魔盒时，雅典娜阻止他，并告知有股更强大的力量在盒子里。随后奎托斯将再次出现的赫尔墨斯杀死，夺取了他的速度神力。赫耳墨斯的尸体化成了无数的苍蝇，呼啸着肆虐在整个奥林匹斯山上，生活在奥林匹斯山上而得以幸免的仆役们也开始感染了疾病。奎托斯在神殿广场上遇到了天后赫拉和大力神海格力斯，一场大战在所难免。最终奎托斯抢过大力神的拳套将其头骨打碎。奎托斯得知潘多拉是唯一能够熄灭奥林匹斯圣火的人，而现在她被困在了迷宫之中，而这个迷宫则是代达罗斯设计的，连波塞冬都无法透视其中的秘密。一翻冒险后，奎托斯遇上了泰坦巨人克洛诺斯。在奎托斯从潘多拉神庙中获得了魔盒之后，深感恐惧的宙斯将自己的父亲又放逐到了塔耳塔洛斯深渊，如今克洛诺斯终于等到了复仇的机会。经历各种方法将其杀消灭，奎托斯接着又杀死了火神赫菲斯托斯，一路奔波后终于找到了潘多拉。奎托斯带着她来到圣火前又遇上了父亲宙斯。最终潘多拉用身体熄灭了圣火，但是奎托斯打开盒子后发现是空的。在宙斯的挑衅下奎托斯开始了与父亲真正的对决。这时盖亚也赶到了，奎托斯与宙斯二人从宫殿一直打到盖亚的体内。奎托斯用奥林匹斯剑刺入了宙斯的身体，连带着也将盖亚的心脏一并刺穿，泰坦巨人之首的盖亚随之灰飞烟灭。勉强爬起来的奎托斯被宙斯的灵魂抓住，陷入黑暗深渊的奎托斯通过重重障碍终于清醒过来，用自己的力量将宙斯真正击倒。众神之神宙斯就这样死去，世界在失去众神后陷入了崩溃。雅典娜再次出现，她告诉奎托斯之所以能打败宙斯是因为潘多拉魔盒中“希望”的力量。原来在奎托斯与阿瑞斯的战斗中所打开的潘多拉魔盒，里面释放出的“恐惧”力量正好进入了宙斯的体内，这也是宙斯后来为什么变得凶恶的原因。雅典娜说自己在魔盒中存放的“希望”力量就在奎托斯体内，并想取回这股力量重新提升自己对神界的统治。一身傲骨奎托斯拒绝了雅典娜，他拿起神剑刺穿了自己的身体，一股自色之光从奎托斯体内窜出，飞向空中并落向世间，失望的雅典娜蔑视着奎托斯，拔出神剑扔在地上后愤然离去。倒下的奎托斯血流满地。游戏最后一个镜头里，地上满是血痕，而唯独不见奎托斯的尸体...... 选偶吧~
