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由于目前的MP4播放机还没有形成统一的标准,因此各厂商都按照自己的理解来定义。MP4播放机中,关键的解码等软件系统是由厂商自行设计,这就造成MP4播放机的解码兼容性和解码稳定性参差不齐等问题。MP4播放机支持的视频格式可谓多种多样,有AVI、ASF、MPG、WMV、RM等;而针对每种格式的编码算法也是有所不同的,如MPEG-1、MPEG-2等。对于大多数MP4播放机而言,他们都支持所谓的MPEG-4方式编码,而这又产生了多种衍生编码算法:DivX、XviD、H.263、MS MPEG-4 3688、Microsoft Video1、Microsoft RLE等。换句话说,以DivX技术编码的AVI视频文件可以叫做MPEG-4,而以另一种名为XviD编码的AVI视频文件同样也可以叫做MPEG-4。两种完全不兼容的编码格式所生成的MPEG-4文件都采用了相同的扩展名,因此播放机如何快速、完美地兼容编码不同的文件就显得尤为重要。针对目前主流的MP4播放机而言,它们主要支持三类视频格式:一是基于DivX/XviD编码算法,支持MPEG-4格式和技术;二是使用MPEG-1/2格式,一般多见于VCD和DVD中,由于它们的体积庞大,因此对于使用闪存作为存储介质的MP4播放机来说,这类格式并不合适;第三类就是基于微软的WMV/ASF算法的MPEG-4格式和技术。要注意的是,网络上最流行的高清晰算法H.264及RM/RMVB格式或其他编码格式并不常见,这也使得很多RM类格式的视频无法在MP4播放机中顺利解码。针对MP4播放机支持的视频文件格式的差异和使用的解码/操作系统的不同,在具体的称呼上也有所差别。有些MP4播放机叫做PMPPortable Media Player,便携式媒体播放机,也有些叫做PVPPersonal Video Player,个人视频播放机、PMC、PVR、PMA等。PMP和PVP的操作系统一般是基于Linux开发的,没有固定的软件和硬件要求,可以任意组合;此外,PMP的格式兼容性和解码能力跟硬件有关,所以升级比较难。PMC则指平台的硬件和软件都由微软统一规定,硬件上采用Intel XScale处理器,软件系统使用Windows Portable Media Player。由于这个系统属于开放式构架,特别在软件方面容易扩展,因此PMC是微软进军数码娱乐领域的一大法宝。PVRPersonal Video Recorder的功能侧重点是视频录像,可以说PVR具有强大的视频录像功能,PVR一般都带有AV-IN/AV-OUT或录像功能。PMAPocket Media Assistant是PDA与硬盘型MP4播放机的结合体,这是比较新潮的数码产品,它一般具有个人娱乐、商务应用和无线上网等功能,相当于一台小型的笔记本电脑。