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在体型上，佳能EOS 5D Mark II比EOS 6D要威猛一些，操控也比EOS 6D专业化。这也不难理解，EOS 5D Mark II定位于准专业，EOS 6D定位于入门，所以自然一切从简。不过这也没什么不好，操控更加简洁，体积更轻巧，简单实用也符合多数玩家的偏好。
在对焦方面，佳能EOS 5D Mark II采用的是9点自动对焦+6点辅助对焦系统。EOS 6D采用的是11点对焦系统，并且该中央对焦点可支持在-3EV弱光环境下完成对焦工作。而佳能的顶级旗舰数码单反相机佳能EOS 1-D X也只是达到了在最低-2EV的亮度下能进行自动对焦的水平。
佳能EOS 6D的另一个进步在于它的高感表现力，常用感光度为ISO 100-25600，这个水平跟EOS 5D Mark III相同，比起EOS 5D Mark II的ISO 100-6400有着质的进步。
综上所述，佳能EOS 6D虽然像素比EOS 5D Mark II低了100万，但高感提升至ISO 25600，高感表现力比EOS 5D Mark II好一档左右，这也得益于它DIGIC 5+影像处理器。EOS 6D在弱光环境下也能完成合焦，比较EOS 5D Mark II的对焦系统有一定升级。另外EOS 6D首次在EOS系统内置了Wi-Fi模块，以低廉的价格让普通用户也能享受到无线传输和遥控拍摄体验。而且佳能EOS 6D比EOS 5D Mark II便宜1000块，买新不买旧，在这两款产品中，购买佳能EOS 6D是明智的选择。
