关于5DII的配置，争议最多的莫过于对焦系统。Canon DSLR的对焦系统一直热点话题，虽然存在一些误解和不公，但说令人满意恐怕是自欺欺人。对于5DII对焦系统的关注是必然的。
根据5DII白皮书文字介绍，5DII使用与5D非常相似的9+6点对焦系统。9个对焦点中，中央对焦点采用十字型f/5.6级别对焦传感器加水平方向f/2.8级别对焦传感器。其余8个对焦点分别为垂直或者水平方向的f/5.6级别传感器。在点测光圆内有6个辅助对焦点，中间的两个为水平方向f/2.8级别传感器，其余4点为垂直方向f/5.6级别传感器。中央对焦点对焦时，首先使用垂直的f/5.6级别对焦传感器对焦。该传感器有两排交错排列的对焦像素点，改善了对极端虚焦位置的检测能力。如果使用的镜头最大光圈大于f/2.8，则f/5.6级别传感器对焦即将完成时，水平f/2.8级别传感器接手工作，达到更高的对焦精度。
6个辅助对焦点在取景器中看不到，也不可手动选择，仅仅在伺服对焦时参与跟踪运动被摄体。自动选择对焦点时，15个自动对焦点全部参AI Servo对焦。手动选择中央对焦点式，如果在C.Fn自定义功能启动“对焦点扩展”设置并选择中央对焦点，则6个辅助对焦点与中央对焦点一起进行人工智能伺服自动对焦。这6个辅助对焦点主要作用在于填补中央对焦点与周边对焦点之间的空白区域，提高对焦系统对移动物体的追踪能力。
白皮书表示使用DiGiC 4处理器提高了对焦数据处理速度，提高了对焦精确性，并且增加了镜头对焦微调功能。这些语言可以出现在广告上，不应该出现在白皮书上，因为存在误导性。
实际上5DII的对焦系统与5D不是非常相似，而是基本相同。二者都使用专门的32位精简指令集微处理器进行对焦运算，而不是使用DiGiC处理器！虽然DiGiC 4确实提高了整个系统的处理速度，但就像白皮书说的，是对焦数据处理（AF data processing）提高了，而不是对焦运算（AF calculation）提高了。驱动不变，运算速度不变，仅仅外围数据处理速度提高，即使5DII的对焦速度真的比5D快，也是微乎其微的，至少撞针没有察觉。
而所谓对焦精度的提高，只是针对特定情况，不觉被普遍意义。荧光灯和其他一些人造光源存在频闪和色温频变，会影响AF系统对于物体反差和细节的初步识别。而5DII的对焦系统能够识别频闪和色温变化，从而提高了在这些光源下的对焦速度和精度。
Nikon的D700、D300和D3一样使用Multi-CAM 3500系列对焦系统。而5DII的对焦系统则与1D系列明显存在差距，甚至不能说绝对优于40D和50D。40D、50D的对焦系统虽然只是9点，没有6个辅助对焦点，但每一个对焦点都采用十字型f/5.6级别传感器，中央对焦点垂直方向同样有两排交错排列的对焦像素点，更增加了一对X型分布的f/2.8级别传感器。此外，40D对焦传感对焦像素为14.4μm，对焦运算速度高于30D 30%。虽然没有官方数据，但可以推定，5DII的对焦传感器像素为16μm，对焦运算速度与30D类似。这意味着与5DII的对焦系统对移动物体的追踪能力（AI Servo）比40D更好，而对焦速度、合焦率、追焦速度和精确性几方面都不如40D，与50D也就不用比了！
对于5DII沿用5D对焦系统，Canon官方代表给出的解释有两点，一是用户对于5D对焦系统的反应很好，而且追踪对焦能力确实好于40D，所以沿用下来，二是40D、50D的对焦系统体积大不少，在5D的机身内安装此模块比较困难。关于前一点，撞针承认5D的对焦系统表现相对不错，但是对比一下同级别Nikon D700以及低一档次D300的51点对焦系统，Sony α900的9+10点对焦系统。撞针曾经说过，很多人乐意多花一些钱去享受某些顶级器材上的功能，作为准专业级机型，没有理由让对焦系统的诸多性能还不如爱好者机型。对于后一点，5DII的反光板系统较大，留给对焦组件的空间较小，但把5DII的尺寸（高度）稍稍增加一点，相对1系列而言，它依然保持这非常紧凑的机身，大多数用户应该可以接受。毕竟，目前5DII的尺寸重量之比40D、50D大的有限。
5DII的对焦组件和传感器
Canon 2008秋季新品发布会现场展示的5DII对焦组件
恐怕留用这个对焦系统，主要是市场的考虑。前期市场对此系统的反馈不差，因此继续使用不会有出现严重问题。如果提升到1系列的水平，则5DII将会严重影响到1Ds Mark III的江湖地位——同样像素、连拍数5:3.9，1DsIII性能优越 vs 5DII功能多样……威胁啊！最能拉开档次的是什么？我看不是竖排手柄。问题是Canon也没有推出介于1系列和50D之间的对焦系统。恕撞针直言，Canon在目前对焦系统设计、集成度上与Nikon存在差距，且存在节约成本的地方。分析而已，不算确证，无论如何，对于5DII的对焦系统只能说无奈二字了。
Nikon的Multi-CAM 3500FX和Multi-CAM 3500DX对焦系统组件，可以与Canon比较透镜区域尺寸与外壳轮廓的比例，以及工艺水平
关于5DII的配置，争议最多的莫过于对焦系统。Canon DSLR的对焦系统一直热点话题，虽然存在一些误解和不公，但说令人满意恐怕是自欺欺人。对于5DII对焦系统的关注是必然的。
