丫髻山得名因山顶像古代女孩头上的发髻。西顶上有碧霞元君祠(敕建护国天仙宫),俗称娘娘庙。清康熙五十二年(公元1713年),皇帝六十大寿,建东顶玉皇阁(敕建护国玉清宫),内塑玉皇大帝像。康熙赐题匾额“敷锡广生”。
丫髻山从唐朝起开始兴建碧霞元君祠等道观庙宇,明代建有魏忠贤的生祠,在清朝达到鼎盛,为京郊三大庙会之一(另外两个为门头沟妙峰山和石景山天泰山),康熙、乾隆、嘉庆、道光均多次驾临丫髻山,因而附近建友行宫(现已毁)。
目前山上存有大量石碑,大部分为清朝石碑,少部分为民国石碑。其中包括康熙、雍正的御碑,其余大部分为民间老会所立的碑,还有陈立夫题字的“仁者智者之所乐”碑,以及韩国友人所立的中韩友谊碑。从清代石碑来看,丫髻山在清代属于怀柔县。
“敕建护国天仙宫”匾额的原件在山下展示馆里。