第一个猜想是功能。强大的帝国为什么要建设这样一座空中城堡?建筑位置、难度、都是当时的生产力水平无法承载的负担。印加的统治者为什么会选择这里建设城堡呢?为了防御?为了最后的退守?为了生产?多少年来,考古学家对这个神奇的古城产生了众多的猜想。最有说服力的猜想是,祭奠神灵。印加人崇拜太阳,太阳神是他们最重要的神灵,印加王都自称为“太阳之子”。选择这样高的位置建设如此规模的一座城。为的只是和太阳更近一些。现代考古学者推断,马丘·比丘并不是普通的城市,而是一个举行各种宗教祭祀典礼的活动中心。平时有一些人居住在这里照料寺庙和祭坛,大部分人要到宗教节日才到这里来。考古学家在城中发现的头骨中,绝大多数是女人的头骨,他们推断这些都是为了敬献给太阳神的祭品。